皖江工学院教务部负责组织学校各专业人才培养方案制定、教学管理、教学建设、教学改革，协管教学质量评估等工作。负责学校教学工作的计划审核、组织实施、考核监督、协调调度、教学资源管理、教学工作量核算等全面管理工作；负责指导各教学单位开展专业（课程）建设、人才培养模式改革、教学研究；负责学生学籍管理、成绩管理、毕业资格审核、毕业证授予和补办工作；负责学生考研工作；负责制定实验室建设规划，组织实验教学、实习实训；会同各院部组织教材建设、教材选定、图书购置等工作；负责学校排课、调停课和教室调度，负责日常教学动态管理；负责统筹高等教育质量监测国家数据平台数据填报工作。下设综合科、教务科、实践教学科、教学建设科、学籍管理科等5个科室；图书馆下设综合科。共6个科室。